Gaussian 常见报错对照手册

在说什么　程序在读输入文件时提前遇到了文件结尾。

为什么　输入文件末尾缺少空行。Gaussian 要求分子坐标之后必须有恰好一个空行才开始命令行；空行多了或少了一行都读不对。

怎么改　在输入文件最后补一个空行（tail -c 20 你的.gjf | od -c 能看到结尾是不是两个换行）。用 Windows 编辑过的文件还可能有 CRLF 问题，用 dos2unix 处理一下。

在说什么　l1 在读输入时就失败了。

为什么　最常见是 %chk、%mem、%nprocshared 的行格式不对（% 开头的行必须在最前面、不能有空行隔开），或 %chk 指向的目录没有写权限。

怎么改　把 %chk/%mem/%nprocshared 放在第一段，格式写成 %chk=/scratch/xxx.chk；确认目录存在且可写（touch /scratch/test）。

在说什么　指定的 checkpoint 文件不存在或路径不对。

为什么　%chk 用了相对路径，而任务是从别的目录提交的；或上一轮任务失败没生成 chk。

怎么改　一律写绝对路径；续算前用 ls -l 确认 chk 存在且大小不为 0。

在说什么　优化在给定步数内没有收敛。9999 只是收尾，真正的原因在此之前。

为什么　步数不够（默认约 100 步）、初始结构太差、或每一步的力/位移判据太严（opt=tight）。

怎么改　先 opt=(maxcycle=200)；仍不收敛就 opt=(calcfc,maxstep=10) 给小步长并让它自己算 Hessian；初始结构先用分子力学或低精度方法预优化。

在说什么　Berny 算法认为这个优化已经走不下去了。

为什么　初始结构有严重原子重叠、坐标太差、或者势能面本身不平滑（近简并、强相关体系）。

怎么改　换初始结构（从晶体或实验结构取，或先做 MMFF/UFF 预优化）；加 opt=(cartesian)；必要时改用 opt=(ef) 或分步走。

在说什么　两个原子之间的距离异常（重叠或过远）。

为什么　结构里有原子几乎重合，或 Z-matrix 里写了不可能的角度/二面角。

怎么改　打开结构看最短距离，小于 0.5 埃就是重叠；从 xyz 重新生成输入，不要手改 Z-matrix。

在说什么　RFO/Berny 在曲率很大的方向上迈步过大。

为什么　接近过渡态、或有柔性很大的二面角。

怎么改　opt=(maxstep=5) 或 opt=(quadratic)；也可以先用 opt=loose 走到大致谷底，再用 opt=tight 精修。

在说什么　频率计算给出负的振动频率，说明这个结构不是能量极小点。

为什么　优化没真正收敛，判据太松；或者它本来就是鞍点。

怎么改　先用 opt=(tight) 重优化，频率必须与 opt 同一理论水平；仍有虚频就沿虚频方向扰动后重优化。

在说什么　自洽场迭代到上限仍未收敛。

为什么　初始猜测差、体系近简并（过渡金属、开壳层、双自由基）、或方法与基组组合本身难收敛。

怎么改　阶梯式收敛：scf=(maxcycle=512)、scf=(xqc)、scf=(conver=6)；开壳层用 guess=mix；先用小基组（STO-3G/3-21G）跑通再换大基组。

在说什么　你给的电荷与自旋多重度的电子数奇偶不符。

为什么　电子数 = 各原子核电荷之和 − 电荷。偶数必须配单重态或三重态，奇数必须配双重态或四重态。

怎么改　数一遍电子；阴离子和自由基体系最容易算错。加 #p 看输出里的电子数。

在说什么　程序按对称性处理结构时出了矛盾。

为什么　输入的对称性判断与坐标系不一致，或结构被对称性强行套错。

怎么改　加 nosymm 关掉对称性（慢一些，但不会再因对称性失败）；或把坐标写成高精度。

在说什么　耦合微扰 Hartree-Fock 迭代不收敛。

为什么　SCF 本身不够紧，或体系近简并。

怎么改　加 scf=(tight)、int=ultrafine；或先用 scf=(maxcycle=512) 把 SCF 收干净。

在说什么　程序申请不到你要的内存。

为什么　%mem 写太大（超过物理内存），或与 %nprocshared 的组合让单个进程超限；也可能是 ulimit 限制。

怎么改　先把 %mem 降到物理内存的 60～70% 试；多核任务里 %mem 是总量不是每核；用 free -g 看真实可用，别把 swap 当内存。

在说什么　被内核 OOM killer 杀掉。

为什么　内存估小了。Gaussian 的内存需求随基函数数目近似三次增长，大基组加大体系很容易翻倍。

怎么改　用 dmesg | grep -i "killed process" 确认；按基函数数估内存（见 Gaussian 配置）；临时办法是降低 %nprocshared 并减小 %mem，让它跑慢一点而不是被杀。

在说什么　写临时文件（.rwf/.int）失败。

为什么　磁盘满了，或者 ulimit -f 限制了单文件大小。

怎么改　用 df -h $GAUSS_SCRDIR 看空间；把 GAUSS_SCRDIR 指到大容量数据盘；ulimit -f unlimited 后再跑。

在说什么　临时文件把盘写爆了。

为什么　Gaussian 的 .rwf 可以到几十 GB（频率、大基组、IRC 尤其），scratch 却放在系统盘。

怎么改　scratch 必须挂数据盘；频率或 IRC 前先估：基函数数 × 100 字节量级 × 步数。清理旧的 .rwf/.chk 也要纳入日常。

在说什么　申请的核数超过机器可用核数。

为什么　%nprocshared 写成了别的机器规格；或共享机器时核数被占满。

怎么改　按 nproc 或 lscpu 的实际核数写；共享机器上留 1～2 核给系统。

在说什么　你选的基组没有为某个元素定义。

为什么　重元素（如 I、Au、Pt）在 Pople 系列基组里常常缺失；或加了弥散/极化函数后该元素没有对应定义。

怎么改　换 def2 系列（def2-SVP/def2-TZVP 覆盖面最全），或对重元素用 LANL2DZ 等含赝势的基组；也可用 gen 混合基组，逐个元素给定义。

在说什么　赝势文件读不出来。

为什么　自定义 ECP 的路径不对，或用了需要额外赝势库的元素却没给。

怎么改　内置赝势（LANL2DZ、SDD）不需要额外文件，直接写关键字即可；自定义 ECP 要确认 genecp 段落格式（元素名后紧跟 ECP 定义，末尾再一个空行）。