https://physedu.top/compute/ VASP、Gaussian、LAMMPS 的服务器配置、编译部署、性能排查与成本核算 zh-CN Fri, 17 Oct 2026 13:00:00 +0800 https://physedu.top/compute/a/gpu-server-rental.htmlGPU 服务器到底要多少钱：A10 单卡月费约 3200 元、折算每小时约 4.5 元，V100-32G 约 9500 元/月。讲清按量/包月/长租的临界点、分片 GPU 的陷阱、科研场景（LAMMPS、深度学习、分子对接）怎么配，以及申请 GPU 配额的前置条件。https://physedu.top/compute/a/gpu-server-rental.html https://physedu.top/compute/a/gaussian-errors.html按报错查 Gaussian：link 9999 收敛失败、Berny 优化失败、distance matrix、charge 与 multiplicity 不符、galloc 内存不足、Erroneous Write 磁盘满、输入缺空行、基组缺元素等，每条给原因与改法。https://physedu.top/compute/a/gaussian-errors.html https://physedu.top/compute/a/gaussian-server-config.htmlGaussian 的并行效率在 32 核之后迅速下降，scratch 磁盘常常比 CPU 先爆。讲清 %nprocshared、%mem 的取值、CCSD 与 TDDFT 的真实资源需求，以及云主机怎么配盘。https://physedu.top/compute/a/gaussian-server-config.html https://physedu.top/compute/a/lammps-errors.html按报错查 LAMMPS：Lost atoms、Out of range atoms PPPM、Domain too small、All pair coeffs 未设、Unknown pair style、Incorrect atom format、neighbor bins、MPI_ABORT、GPU 包未编译等，每条给原因与改法。https://physedu.top/compute/a/lammps-errors.html https://physedu.top/compute/a/lammps-gpu.htmlGPU 加速分子动力学不是无条件更快：体系小于十万原子、或长程静电占主导时，收益可能不到两倍。讲清 KOKKOS 与 GPU 包的区别、单卡配几核 CPU、显存怎么估，以及云上显卡实例怎么选。https://physedu.top/compute/a/lammps-gpu.html https://physedu.top/compute/a/vasp-out-of-memory.htmlVASP 内存溢出、服务器内存不够怎么办（OOM、被 Killed、算得很慢其实在 swap）的完整解法：NBANDS 与 k 点如何放大内存、KPAR 为什么能平摊、ISPIN 与 LORBIT 的隐藏开销、swap 的误区，以及 64/128/256 原子该买多大内存的对照表。https://physedu.top/compute/a/vasp-out-of-memory.html https://physedu.top/compute/a/vasp-errors.html按报错原文查 VASP 问题：ZPOTRF failed、ZBRENT、ZHEGV failed、BRMIX 不一致、SGRCON、链接失败、OOM 被杀、磁盘写满、MPI 卡死，每条给原因、改法与确认命令。https://physedu.top/compute/a/vasp-errors.html https://physedu.top/compute/a/vasp-server-rental.html租一台能跑 VASP 的服务器，按月付、按小时付、还是直接买一台？把三种方式的起步成本、闲置代价和发票报销都摊开算，给出你每月到底该花多少的判断方法。https://physedu.top/compute/a/vasp-server-rental.html https://physedu.top/compute/a/vasp-server-config.html从 WAVECAR 体积估内存、NCORE 与 KPAR 怎么设、多少核之后并行效率会塌，以及 64/128 原子体系在云主机或工作站上的实际配置对照。https://physedu.top/compute/a/vasp-server-config.html https://physedu.top/compute/a/vasp-job-killed.htmlVASP 计算中断的完整判断流程：exit 137 与 139 的区别、dmesg 里找 OOM 记录、抢占式实例回收、突发实例 CPU 积分耗尽、磁盘写满，附断点续算的标准操作和中断造成的机时损失换算。https://physedu.top/compute/a/vasp-job-killed.html https://physedu.top/compute/a/vasp-slow.html同样的体系别人跑 8 小时你跑 40 小时，往往不是算力不够。从 NCORE/KPAR、内存 swap、k 点并行、磁盘 IO 到 BLAS 线程，按耗时占比从高到低逐项排查，附每一项的判定方法。https://physedu.top/compute/a/vasp-slow.html https://physedu.top/compute/a/dft-bootstrap-script.html开源脚本 dft-bootstrap.sh：一条命令装好 gfortran、OpenMPI、OpenBLAS、ScaLAPACK、FFTW，建计算账号、放好 scratch、写 limits、生成 Makefile.include 模板，并用六项检查验收。支持干跑，不碰 web 服务与数据库。https://physedu.top/compute/a/dft-bootstrap-script.html https://physedu.top/compute/a/core-hours-reference.html常见算例的核时与费用速查表：32 到 512 原子的一次结构优化、单点计算与 1000 步从头算分子动力学各要多少核时、跑多久、花多少钱，以及为什么原子数翻倍机时就变成 6 倍。https://physedu.top/compute/a/core-hours-reference.html https://physedu.top/compute/a/supercomputer-vs-cloud.html算力不只有买和租两种。国家超算与校级集群的机时、自建机器、云主机各有明确的适用边界，混着用往往最省。按任务类型、排队时间、经费科目三个维度给出选择方法。https://physedu.top/compute/a/supercomputer-vs-cloud.html https://physedu.top/compute/a/vasp-build-on-linux.html从零编译 VASP 的完整流程：gcc/gfortran 与 MPI 的选择、oneAPI MKL 怎么链接、makefile.include 里哪几行必须改、AVX512 优化怎么开，以及最常见的十来个报错怎么定位。https://physedu.top/compute/a/vasp-build-on-linux.html https://physedu.top/compute/a/vasp-on-cloud-tutorial.html从一台空实例到第一个 VASP 算例结束，需要几步：定规格、开机器、装依赖、编译、跑测试、传数据、算完停机。附每一步的检查点与常见卡壳点。https://physedu.top/compute/a/vasp-on-cloud-tutorial.html https://physedu.top/compute/a/multinode-mpi.html两台 32 核不等于一台 64 核。跨节点并行的加速比受网络与通信量支配，多数任务在 2 节点就撞墙。讲清什么时候必须多节点、网络要多快、VASP 的 KPAR/NCORE 跨节点怎么设，以及怎么实测并行效率。https://physedu.top/compute/a/multinode-mpi.html https://physedu.top/compute/a/budget-tiers.html预算换成算力：300 元约等于 5000 核时（一个 128 原子结构优化），1000 元约 1.6 万核时，3000 元约 5 万核时。每档给出规格、能跑多久、适合的体系规模与优化空间。https://physedu.top/compute/a/budget-tiers.html https://physedu.top/compute/a/spot-instance-dft.html抢占式（竞价）实例便宜但会被回收。哪些 DFT 任务适合跑、CONTCAR 与 WAVECAR 怎么存档续算、如何避免整批实例同时被回收，附可直接用的巡检脚本思路。https://physedu.top/compute/a/spot-instance-dft.html https://physedu.top/compute/a/ecs-for-research.htmlDFT 与分子动力学在云上选实例，关键只有三件事：核型、代际、付费方式。讲清通用型/计算型/内存型/本地 SSD 型/ARM 倚天各自适合什么任务，以及共享型实例为什么不能跑计算。https://physedu.top/compute/a/ecs-for-research.html https://physedu.top/compute/a/computational-chemistry-server.html计算化学和第一性原理的服务器配置差别很大：Gaussian 吃核数扩展性、VASP 吃内存、GROMACS 吃 GPU。按软件逐个给出核数、内存、磁盘的推荐区间，以及租赁与自建的取舍。https://physedu.top/compute/a/computational-chemistry-server.html https://physedu.top/compute/a/self-host-vs-cloud.html自建计算服务器和租云服务器到底哪个划算：给出临界点公式 T*=1150/(单价×核数−0.23)，按 0.10/0.06/0.04 元每核时分出 2280、3860、5980 小时的年使用时长方界，并说明电费、折旧、运维与经费科目这些容易被漏掉的成本。https://physedu.top/compute/a/self-host-vs-cloud.html